Karayaka, sakız ve bafra koyun ırklarının RAPD-PCR yöntemi ile moleküler genetik analizi

Abstract

ÖZET KARAYAKA, SAKIZ VE BAFRA KOYUN IRKLARININ RAPD-PCR YÖNTEMİ İLE MOLEKÜLER GENETİĞ ANALİZİ BUDAK, F. Azize Kırıkkale Üniversitesi Fen Bilimleri Enstitüsü Biyoloji Anabilim Dalı, Yüksek Lisans Tezi Danışman : Doç. Dr. Şükran ÇAKIR Eylül 2003, 84 Sayfa Anadolu zengin hayvan gen kaynaklarına sahiptir. Örneğin Türkiye'de on beşten fazla evcil koyun ırkı bulunmaktadır. Bu potansiyel ulusal dikkat gerektirmektedir. Çünkü ileride bunların genetik ıslahı ile ekonomik değeri daha yüksek ırklar elde edilebilir. Bu konuda başarılı olmak için yerli ırklarımızın genetik yapıları ile ilgili yeterli bilgiye ihtiyaç vardır ve bu yalnız çiftlik hayvanlarında DNA analizine dayalı genetik araştırmalar ile mümkündür. Bu çalışmada Türkiye'nin üç yerli koyun ırkından Sakız, Karayâka ve Bafra'nın genetik ayırımında PCR'a dayalı metotlardan Rasgele Çoğaltılmış Polimorfik DNA (RAPD) belirleyicileri kullanıldı. Bu teknik tür veya ırka özgü DNA profilleri oluşturarak genomdaki birçok ayrı lokusun çoğaltılmasına imkan verir. Birçok araştırıcı ekonomik açıdan önemli olan özellikler ilebağlantılı belirleyicilerin tanımlanmasında RAPD tekniğini kullanmıştır. Bunlardan bazıları koyun özellikleri ile ilgilidir. Bu çalışmada daha önceki bir çalışmada kullanılan on sekiz ve rasgele olarak seçilen iki tane primer toplam 160 bireyde tarandı. Bu primerlerden 6'sında 67 polimorfik bant elde edildi. Polimorfizm Karayaka ırkında % 22.39 ve Bafra ırkında % 53.73 değerleri arasında bulundu. Nei'nin genetik mesafesi 0.0432-0.4709 arasında bulundu. Populasyon içi farklılaşma Hs = 0.30 olarak bulundu. Populasyonlar arasındaki farklılaşmanın büyüklüğü ise 0.58'dir. Bu genetik farklılaşmanın % 58 olduğunu belirtmektedir. Bu çalışmadan elde edilen sonuçlar ilerideki yerli koyunların ıslah çalışmalarında kullanılabilir. Anahtar Kelimeler : Koyun, RAPD-PCR, çiftlik hayvanları, DNA polimorfizmi

ABSTRACT MOLECULAR GENETIC ANALYSIS OF KARAYAKA, SAKIZ AND BAFRA SHEEP BREEDS BY RAPD-PCR METHOD BUDAK, F. Azize Kırıkkale University Graduate School of Natural and Applied Sciences Department of Biology, M. Sc. Thesis Supervisor : Assoc. Prof. Dr. Şükran ÇAKİR September 2003, 84 pages The Anatolia has a rich animal gene resources. For example, more than 15 domestic sheep strains have been found in Turkey. This potantial needs national attention. Because the strains with high economical value can be improvement from these strains in future. Iri order to be successful in this tissue there is need enough knowledge of genetic construction of these strains and this is only possible with genetic resources based on DNA analysis in farm animals. In this study Randomly Amplified Polymorphic DNA (RAPD) which of the rnethod based on PCR markers Were used to determine the genetic diversity in three sheep that Sakiz, Karayaka and Bafra from Turkish sheep strains. This technique gives an opportunity to amplify several discrete loci in the genome by producing species or strain specific DNA profile. Several 111researchers have used RAPD assay for identification of markers linked to economically important traits, some of them were related to sheep traits. In this study 18 RAPD primers chosen in a previous study and 2 primer chosen arbitrary were screened for overall 160 individuals. 6 of these primers yielded 67 polymorphic markers. Polymorphism (P) revealed varried between 22.39 % in Karayaka and 53.73 % in Bafra. Nei's genetic distance was found between 0.0432 and 0.4709. The diversity within the populations (Hs) was 0.13. The magnitude of differentiation among the populations (Gst) was 0.58 suggesting that 58 % of the genetic diversity. The results obtained from this study can be potentially utilized in improvement of these sheep strains in future. Key Words: Sheep, RAPD-PCR, livestock, DNA polymorphism IV