Yazar "Gök, Zehra Gün" seçeneğine göre listele

Listeleniyor 1 - 7 / 7
  • Küçük Resim
    Öğe
    2,4,6-Trinitrotoluen (TNT)'in Mikrobiyal Degradasyonu ve TNT ile Kirlenmiş Bölgelerin Biyoremediasyonu
    (2016) Gök, Zehra Gün; İnal, Murat; Yiğitoğlu, Mustafa
    2,4,6-trinitrotoluen (TNT) yaygın olarak kullanılan patlayıcı bir kimyasaldır. TNT güvenli üretimi ve depolanması, düşük erime noktası, kimyasal ve termal kararlılığı gibi özelliklerinden dolayı her iki dünya savaşında ana patlayıcı madde olarak kullanılmıştır. TNT'nin askeri faaliyetler için imalatı, kullanımı ve imha edilmesi hem toprak hem de yeraltı sularının kirlenmesine neden olmaktadır. TNT'nin yaygın olarak patlayıcı madde olarak kullanılmasına karşın insan dahil birçok organizma üzerinde toksik etkileri vardır ve TNT yapısında bulunan nitro gruplarının simetrik düzeninden dolayı doğada uzun süre bozunmadan kalabilmektedir. TNT'nin hem yer altı sularında hem de toprakta neden olduğu kirliliğin biyolojik yöntemlerle remediasyonu insan sağlığı ve ekosistem açısından oldukça önemlidir. Bir toksik bileşiğin biyolojik olarak muamele edilebilirliği bu bileşiğin biyodegradasyonunun mümkün olmasına bağlıdır. TNT doğada uzun süre bozunmadan kalabilmesine karşın mikrobiyal ataklar karşısında hassastır. Çeşitli aerobik ve anaerobik bakteriler ve mantarlar sentezledikleri nitroredüktaz enzimleri ile TNT ve TNT'nin transformasyon metabolitlerini parçalayabilmektedir. TNT ile kirlenmiş bölgelerin ıslahı için, TNT'yi parçalayabilme yeteneğine sahip mikroorganizmaların kullanıldığı çeşitli biyolojik temelli teknolojiler geliştirilmiştir. Bu çalışmada konuyla ilgili literatür incelenerek TNT'nin mikrobiyal degradasyon mekanizmaları ve TNT degradasyon kapasitesine sahip mikroorganizma türleri belirlenmiştir. Ayrıca, TNT ile kirlenmiş bölgelerin ıslahında kullanılan biyoremediasyon yöntemleri araştırılmış, yöntemlerin uygulanmasına ait çalışmalar ve yöntemlerin uygulamadaki avantaj ve dezavantajları literatür kaynaklarından derlenmiştir.
  • Küçük Resim
    Öğe
    2,4,6-trinitrotoluen'in bakteriler aracılığıyla parçalanması
    (Kırıkkale Üniversitesi, 2016) Gök, Zehra Gün; Yiğitoğlu, Mustafa; İnal, Murat
    2,4,6-trinitrotoluen (TNT) şok ve sürtünmeye karşı kısmen duyarsız olması nedeniyle en yaygın kullanılan askeri yüksek patlayıcılardan biridir. Birçok aktif ve eski askeri tesislerdeki patlayıcı kirliliğinin büyük bir kısmı TNT'den kaynaklanmaktadır. Askeri bölgelerde toprak ve yeraltı sularındaki TNT kirliliğinin biyolojik temelli teknolojiler ile remediasyonu insan sağlığı ve ekosistem açısından oldukça önemlidir, çünkü bu teknolojiler doğal yollarla gerçekleşen, düşük maliyetli ve çevre dostu yaklaşımlardır. Bu çalışmada, TNT'yi azot kaynağı olarak kullanabilen ve yüksek TNT parçalama kapasitesine sahip bakteri suşları mikrobiyolojik yöntemlerle yıllardır TNT kirliliğine maruz kaldığı bilinen Kırıkkale'nin bir bölgesinden alınan toprak ve su örneklerinden izole edilmiştir. Alınan toprak ve su örneklerindeki TNT miktarının spektrofotometrik analizlerle 49-346 mg/kg arasında olduğu belirlenmiştir. Toprak örneklerinden 19, su örneğinden 5 toplamda 24 bakteri suşu elde edilmiştir. İzole edilen bakteriler azot kaynağı olarak sadece TNT bulunan besiyerinde kültür edilmiş ve izolatların TNT yıkım kapasiteleri besiyerinden belirli aralıklarla alınan örneklerin spektrofotometrik analizleri ile tespit edilmiştir. Yapılan analizlerin sonucuna göre, izolatlar arasında yüksek TNT parçalama kapasitesine sahip 6 bakteri izolatı seçilmiş ve seçilen izolatlar önce Gram-boyama sonrasında 16S rRNA dizi analizi yöntemi ile tanımlanmıştır. 16S rRNA dizi bölgelerine göre, toprak izolatları Klebsiella pneumoniae, Raoultella planticola, Pseudomonas putida olarak ve su izolatları ise Stenotrophomonas maltophilia, Klebsiella pneumoniae, Raoultella planticola olarak tanımlanmıştır. Bu suşlarla yapılan TNT parçalama çalışmalarında, 24 saatlik inkübasyon süresi sonunda 100 mg/L TNT içeren besiyerinde TNT'nin parçalanma oranı toprak izolatları SÇ1 K1, SÇ1 K4 ve SÇ1 K5 için sırasıyla % 90, % 95 ve % 84, su izolatları SU K2, SU K3 ve SU K4 için sırasıyla % 70, % 96 ve % 93 olarak belirlenmiştir. İzolatlar tarafından TNT'nin parçalanması sırasında oluşan ara ürünler HPLC analizleri ile tespit edilmiştir. Bütün bakteri izolatlarının kültürlerinde 4-aminodinitrotoluen ve 2-aminodinitrotoluen birikimleri tespit edilmiş, hiçbir kültürde 2,4-dinitrotoluen veya 2,6-dinitrotoluen birikimlerine rastlanmamıştır. Ayıca, bütün izolatların kültür ortamında nitrit birikimi tespit edilmiştir. Bu çalışmada, izolatlar tarafından TNT'nin parçalanmasına sıcaklık ve pH'ın etkisi de araştırılmıştır. SÇ1 K1 ve SU K2 izolatlarının 35 °C'de, diğer izolatların 30 °C'de, en yüksek TNT parçalama kapasitesine sahip olduğu ve bütün izolatların pH 7'de TNT'yi en hızlı parçaladıkları, daha asidik veya daha bazik kültür ortamlarında bütün izolatların TNT parçalama kapasitelerinin azaldığı belirlenmiştir. Yapılan araştırma sonucunda izole edilen bakteri türlerinin, yüksek TNT parçalama kapasitesine sahip oldukları ve TNT ile kirlenmiş bölgelerin arıtılmasında güvenli ve etkili bir şekilde kullanılabilecekleri sonucuna ulaşılmıştır.
  • Küçük Resim
    Öğe
    Effective Degradation of 2,4,6-Trinitrotoluene (TNT) with a Bacterial Consortium Developed from High TNT-degrading Bacteria Isolated from TNT-contaminated Soil
    (2018) Gök, Zehra Gün; İnal, Murat; Yiğitoğlu, Mustafa
    In this study, bacterial strains, capable of using TNT as a nitrogen source, were isolated from TNT-contaminated soil samples collected from military region in Kırıkkale, Turkey. We selected three strains that showed the highest TNT degradation capacity and according to 16S rRNA sequence analysis, the strains were identified as Klebsiella pneumoniae (designated SC1 K1, showed 99% homology), Raoultella planticola (designated SC1 K4, showed 99% homology) and Pseudomonas putida (designated SC1 K5, showed 99% homology). These strain were cultured in medium containing 100 mg L-1 TNT, SC1 K1 degraded 90 % of the initial TNT, SC1 K4 degraded 95 % of the initial TNT, and SC1 K5 degraded 84 % of the initial TNT after 24 h of incubation. Then, to remove TNT more efficiently, we constructed a bacterial consortium with these strains. The developed consortium was cultured in medium containing 100 mg L-1 TNT and the consortium removed 97.2 % of the initial TNT after four-hour incubation period. According to HPLC analyses, The consortium transformed TNT to 2-amino-4,6- dinitrotoluene, 4-amino-2,6-dinitrotoluene and an unknown metabolite. The isolates showed high TNT degradation capacity compared to many previous studies and the developed bacterial consortium can be used to remediate the TNT-contaminated environments.
  • [ X ]
    Öğe
    Green Synthesis, Characterization and Antibacterial Activities of Silk Sericin Capped Zinc Oxide Nanoparticles
    (2024) Temel, Aleyna; Gök, Zehra Gün
    In recent years, interest in metal-based antibacterial materials has increased due to microorganisms gaining resistance to antibiotics. Silk sericin obtained from Bombyx mori cocoon has found use in many different areas thanks to its biocompatibility, hydrophilic character and biodegradability. Zinc oxide nanoparticles (ZnONPs) obtained in various zinc salts exhibit broad-spectrum antibacterial properties. In this study, to be produce metal based antibacterial materials, synthesis of silk sericin-coated ZnONPs (SS-ZnONPs) in a green and scalable method was investigated by using silk sericin protein as both reducing and capping agent to obtain ZnONPs. For producing SS-ZnONPs, 2% silk sericin solution was mixed with Zn(NO3)2 solution and the blend solution was heated at 100 °C for a certain period of time. Observing surface plasmon resonance (SPR) peak specific at 380 nm in the UV-vis spectrum of SS-ZnONPs represented the formation of ZnONPs. Then, the chemical, morphological, crystalline, thermal, and antibacterial properties of the synthesized SS-ZnONPs were examined. Characteristic peak of the Zn-O band was found in fourier transform infrared spectroscopy (FTIR) analysis of SS-ZnONPs. According to scanning electron microscopy (SEM) analyses, ZnONPs had morphology similar to cubic/hexagonal shape, showed a uniform structure, and did not represent any agglomerations. In energy dispersive spectroscopy (EDS) analyses of SS-ZnONPs, peaks belonging to carbon, nitrogen, oxygen, sulphur, and zinc elements were observed. The formation of Zn peak indicated that the zinc ions were transformed into ZnONPs. In addition, characteristic peaks of zinc were seen in the X-ray diffractometer (XRD) result of SS-ZnONPs. Thermogravimetric analysis (TGA) showed that the thermal stability and remaining amount of SS-ZnONPs was higher compared to pure silk sericin powder due to the formation of ZnONPs. Lastly, agar well diffusion test was carried out with Staphylococcus aureus (ATCC 6538) and Escherichia coli (ATCC 25922) bacteria and SS-ZnONPs showed antibacterial action against S. aureus. It has been observed that the obtained SS-ZnONPs can be used as antibacterial agents. However, it was also understood that the ZnONPs concentration in this study was low for high antibacterial activity.
  • Küçük Resim
    Öğe
    İpek Serisin ve Potansiyel Uygulama Alanları
    (2019) Gök, Zehra Gün; Yiğitoğlu, Mustafa; Vargel, İbrahim
    İpek, fibroin (lifli protein) ve serisin (globüler, zamklama proteini) olarak isimlendirilen iki ana proteinden oluşmaktadır. Fibroin tekstil üretiminde ve çeşitli biyomalzeme uygulamalarında kullanılırken, serisin tekstil endüstrisinde bir atık malzeme olarak kabul edilmektedir. Serisin, belirsiz bir yapıya sahip çok bileşenli bir protein olması nedeniyle, fibroinden daha az dikkat çekmiştir, ancak bu proteinin de biyolojik aktiviteye sahip olduğu ve biyouyumlu olduğu yapılan çalışmalarla gösterilmiştir. Serisin değişken amino asit bileşimi ve çeşitli fonksiyonel grupları ile biyomedikal uygulamalar için ilgi çekici biyoaktif özelliklere sahiptir. Antioksidan karakteri, nemlendirme yeteneği ve memeli hücreleri üzerindeki mitojenik etkisi nedeniyle, serisinin hücre kültürü ve doku mühendisliğinde yararlı olduğu son yıllarda yapılan çalışmalarla gösterilmiştir. Ayrıca, keratinositler ve fibroblastlar üzerindeki olumlu etkileri, başta yara bakım malzemeleri olmak üzere deri dokusu onarımı için serisin bazlı biyomalzemelerin gelişmesine yol açmıştır. Ek olarak, serisin, kemik benzeri hidroksiapatit nükleasyonunu indükleme kabiliyeti nedeniyle kemik doku mühendisliği için kullanılma potansiyeline de sahip olduğu gösterilmiştir. Filmler, süngerler ve hidrojeller gibi kararlı ipek serisin biyomalzemeleri, çapraz bağlama veya diğer polimerler ile karıştırılarak hazırlanmaktadır. Serisin aynı zamanda ilaç salımı için de kullanılma potansiyeline sahiptir, çünkü kimyasal reaktivitesi ve pH yanıtı, serisin bazlı nano-mikropartiküllerin, hidrojellerin ve konjuge moleküllerin üretimini kolaylaştırmakta ve ilaçların biyoaktivitesini arttırmaktadır. Bu çalışmada, önemli bir protein olan ipek serisinin özellikleri ve kullanım alanları özetlenmiştir.
  • [ X ]
    Öğe
    Synthesis and Characterization of Chitosan/Sericin Composite Blend Membranes Containing Silver Nanoparticles for Effective Antibacterial Applications
    (John Wiley and Sons Inc, 2024) Niyaz, Zeynep; Gök, Zehra Gün
    Due to drug-resistant bacteria, antimicrobial composite materials that will replace antibiotics are among the current research topics. In this study, environmentally-friendly, low-cost, easy-to-synthesize chitosan/silk sericin/silver nanoparticles (Cht/SS/AgNPs) membranes were obtained for use in antibacterial applications. For material synthesis, firstly, AgNPs were obtained by mixing solution of 2 % sericin (at pH 11)-10 mM AgNO3 at 100 °C with hydrothermal method and AgNPs formation was confirmed by UV-Vis measurements. Then, sericin/AgNPs solution was added to chitosan solutions at different ratios and Cht/SS/AgNPs composites were obtained by solvent casting method. The final forms of the membranes were characterized by fourier transform infrared spectroscopy (FTIR), scanning electron microscopy (SEM)-energy dispersive X-ray spectroscopy (EDS), and thermogravimetric analysis (TGA). Water retention capacities and mechanical properties of the membranes were also determined. Finally, antibacterial and biocompatibility properties were evaluated by disc diffusion test method on Escherichia coli and Staphylococcus aureus and MTT on L929 fibroblast cell line, respectively. The obtained membranes had homogeneous appearance, high swelling ratios, good mechanical properties. The composites also showed excellent antibacterial activity, especially on S. aureus and good biocompatibility. In summary, Cht/SS/AgNPs composites can be used as an alternative polymeric antibacterial materials especially as the wound-dressing materials or functional packaging materials. © 2024 Wiley-VCH GmbH.
  • [ X ]
    Öğe
    Yara Örtü Materyallerinde Aktif Ajan Olarak Kullanılmak Üzere Jelatin Kaplı Gümüş Nanoparçacıkların Sentezlenmesi ve Karakterizasyonu
    (2021) Gök, Zehra Gün
    Bu çalışmada, yara örtü materyallerinde antimikrobiyal ajan olarak kullanılabilecek jelatin kaplı gümüş nanopartiküller (J-AgNPs) sentezlemek için jelatin proteini hem indirgeme hem de kaplama ajanı olarak kullanılmıştır. J-AgNPs sentezi için, %1’lik jelatin çözeltisi ile belirli derişimde AgNO3 çözeltisi karıştırılmış ve karışım 2 saat boyunca 100 °C’de inkübe edilmiştir. Jelatin çözeltisi eklenen gümüş nitrat çözeltilerinde gözlemlenen sarı renge-kahve renge dönüşüm, Ag(I) iyonunun Ag(0)’a indirgenmiş olduğunu göstermektedir. Bu renk değişimi olduktan sonra, karışım 8 saat boyunca oda sıcaklığında karıştırılmaya devam edilmiştir. J-AgNPs komplekslerinin 300 ile 600 nm arasındaki absorbans spektrası UV-Vis spektrofotometre ile ölçülerek gözlemlenen yüzey plazmon pikleri ile AgNPs oluşumu tespit edilmiştir. J-AgNPs’lerin sudaki kararlılıkları ve boyutları Zetasizer ile incelenmiştir. Sentezlenen bütün J-AgNPs gruplarının zeta potansiyeli pozitif çıkmış ve zeta-boyutlarının 116,3-170 nm aralığında olduğu bulunmuştur. Fourier dönüşümlü kızılötesi spektroskopisi (FTIR) analizleri ile J-AgNPs’lerin kimyasal yapısı incelenmiş ve AgNPs’lerin çevresinde jelatin bulunduğu gösterilmiştir. Yapılan taramalı elektron mikroskobu (SEM) incelemeleri ile sentezlenen J-AgNPs’lerin morfolojilerinin küresel formda olduğu anlaşılmış ve SEM görüntüleri üzerinden yapılan enerji dağılım spektrometresi (EDS) analizleri ile J-AgNPs’lerin yapısında karbon, azot ve gümüş varlığı kanıtlanmıştır. Sentezlenen J-AgNPs’lerin kristal yapısı ve termal özellikleri sırasıyla X-Işını difraktometresi (XRD) ve termogravimetrik analiz (TGA) yöntemleri ile incelenmiştir. XRD analizi ile jelatinin amorf yapısı ve J-AgNPs’lerde metalik gümüş varlığı gösterilmiştir. TGA analiz sonuçlarına göre, J-AgNPs’lerin termal olarak saf jelatine göre daha kararlı olduğu ve 900 °C’nin sonunda arta kalan miktarının gümüş varlığı ile arttığı görülmüştür. İleri çalışmalarla, J-AgNPs’leirn antimikrobiyal ve sitotoksik etkileri incelenecek ve yara örtü materyallerinde antimikrobiyal ajan olarak kullanılma kapasitesine sahip J-AgNPs grupları belirlenecektir.