Tıbbi Uzmanlık Tez Koleksiyonu
Bu koleksiyon için kalıcı URI
Güncel Gönderiler
Öğe Pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumannii izolatlarında metallobetalaktamaz ve indüklenebilir betalaktamaz varlığı, biofilm oluşumu ve çeşitli antibiyotik duyarlılıklarının araştırılması(Kırıkkale Üniversitesi, 2012) Şahin, Esra; Apan, Zafer TeomanÇalışmamıza hastanemizde Ocak 2010 ve Haziran 2011 tarihleri arasında çeşitli materyallerden izole edilen 52 P. aeruginosa ve 48 A. baumannii olmak üzere toplam 100 bakteri alınmıştır.Bakterilerin tanımlanması standart klinik mikrobiyolojik yöntemler ile yapılmış, bu yöntemlere ek olarak daha iyi tanımlamanın yapılaması için API 20NE (Biomerieux) sistemleri kullanılmıştır. Bakterilerin invitro koşullarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Metallobetalaktamaz (MBL) üretiminde diğer fenotipik yöntemlere göre daha duyarlı olduğu düşünülen kombine disk yöntemi kullanıldı. İndüklenebilir betalaktamaz (İBL) araştırılırken Kirby-Bauer disk difüzyon yöntemi ile yapılan rutin antibiyotik duyarlılık testinde uygun disk dizilimi sağlanarak direkt indüksiyon testi yapıldı ve çalışmaya seftazidim ve sefotaksim duyarlı olan suşlar alındı. Pseudomonas aeruginosa ve Acinetobacter baumannii suşlarında biyofilm oluşumu kantitatif yöntemle incelendi.P. aeruginosa suşlarının % 32.7'si imipenem, % 100'ü amoksisilinklavulonik asit, % 34.6`sı amikasin, % 32.7'si seftazidim, % 51.9'u siprofloksasin, % 38.5' i sefepim, % 82.7'si sefotaksim, % 26.9'u gentamisin, % 98.1`i tigesiklin, % 100 `ü piparasilin-tazobaktama dirençliydi. A. baumannii suşlarının ise % 70.8'i imipenem, % 95.8'i amoksisilinklavulonik asit, % 77.1`i amikasin, % 85.4'ü seftazidim, % 91.7'si siprofloksasin, % 83.3'ü sefepim, % 91.7'si sefotaksim, % 47.9' u gentamisin, % 25`i tigesiklin, % 75`i piparasilin-tazobaktama dirençliydi.Metallobetalaktamaz üretimi açısından bakteriler incelendiğinde; 52 P. aeruginosa suşunun (n=14) %26.9' unda MBL pozitif idi. 48 A. baumannii suşunda ise (n=31) %64.6 MBL üretimi saptandı. Her iki bakteri arasında MBL üretimi açısından istatistiksel olarak anlamlı fark vardı (p<0.001, x2=14.30).Seftazidim duyarlı 37 suş indüklenebilir betalaktamaz üretimi açısından incelendi. Bunların 32'si (%86.48) P. aeruginosa ve 5'i (%13.52) ise A. baumannii idi. Seftazidim duyarlı 32 P. aeruginosa da %68.8 (n:20) oranında İBL üretimi pozitif saptanırken, % 31.2 (n:10) suşta İBL üretimi negatifti. Seftazidim duyarlı 5 A. baumannii suşunda %60 (n:3) oranında İBL üretimi saptanırken, %40 (n:2) oranında ise İBL negatif olarak bulundu. Seftazidim duyarlı P. aeruginosa ve A. baumannii arasında İBL üretimi açısından istatistiksel olarak fark saptanmadı (p=0.530). P. aeruginosa ve A. baumannii suşları biofilm oluşturma açısından incelendiğinde P. aeruginosa'da biyofilm oluşumu %51.9 iken, A. baumannii suşlarında ise %56.3 olarak bulunmuştur. P. aeruginosa suşlarında MBL üretimi ile biyofilm oluşumu arasında MBL pozitif suşların daha fazla biyofilm oluşturdukları bulunmuştur.Dünyadaki direnç oranlarına baktığımızda Pseudomonas ve Acinetobacter türü bakterilerde giderek artan miktarlarda antibiyotik direnci görülmektedir. MBL üreten bakterilerin aztreonam dışında tüm betalaktamlara dirençli olmaları ve klinik uygulamada uygun bir MBL inhibitörünün bulunmaması, ayrıca MBL ile aminoglikozid direnç genlerinin genetik olarak bir arada bulunması epidemiyolojik açıdan MBL varlığının tespit edilmesi çok önemlidir. Bazı Gram-negatif bakterilerde indüklenebilir betalaktamazların artması klinik problemlere neden olmaktadır. Yeni betalaktam antibiyotiklerle tedavi sırasında çoklu betalaktam direnci hızla oluşmaktadır. Böyle çoklu direnç gösteren mikroorganizmalar hastane içinde yayılmakta ve önemli bir nazokomiyal patojen olmaktadırlar. Son zamanlarda merak uyandıran bir başka konuda bakterilerin biyofilm oluşturmasının klinikdeki önemidir. Biyofilm formunun planktonik forma göre yaklaşık 10 kat daha dirençli hale geldiği bazı çalışmalarda gösterilmiştir buda bize önümüzdeki günlerde biyofilm oluşturmanın daha önemli olacağını göstermektedir.Anahtar sözcükler: MBL üretimi, İBL üretimi, Biyofilm oluşumu, P. aeruginosa ve A. baumanniiÖğe Pseudomonas aeruginosa ve acinetobacter baumannii izolatlarında çeşitli antibiyotik duyarlılıkları ve pulsed field gel electrophoresis (PFGE) yöntemiyle tiplendirilmesi(Kırıkkale Üniversitesi, 2013) Yürüken, Zehra; İşeri, Latife2009-2010 yılları arasında hastanemiz Tıbbi Mikrobiyoloji laboratuvarına gelen çeşitli materyallerden izole edilen 33 adet Pseudomonas aeruginosa ve 48 adet Acinetobacter baumannii suşu çalışma kapsamına alındı. Bakterilerin tanımlanması standart klinik mikrobiyolojik yöntemler ile yapılmış, bu yöntemlere ek olarak daha iyi tanımlamanın yapılaması için API 20NE (Biomerieux) sistemleri kullanılmıştır. Bakterilerin invitro koşullarda antibiyotiklere direnç durumları Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI) önerileri doğrultusunda disk difüzyon yöntemi ile belirlendi. Bakterilerin klonal ilişkisi epidemiyolojik tiplendirmenin altın standardı olarak tanımlanan PFGE ile araştırıldı. P. aeruginosa suşlarının % 30,3?ü imipenem, % 39,4?ü aztreonama, % 30,3?ü amikasin, % 36,4?ü seftazidim, % 33,3?ü meropenem, % 30,3?ü sefepim, % 27,3?ü gentamisin, % 30,3?ü piperasilin-tazobaktama dirençli bulunmuştur. A. baumannnii suşlarının %93,8?i piperasilin-tazobaktama, %77,1?i amikasine, %47,9?u gentamisine, %83,3?ü sefepime, %72,9?u imipeneme, %72,9?u meropeneme, %87,5?i seftazidime, %91,7?i aztreonama dirençli bulunmuştur. Bu çalışmada izole ettiğimiz suşların %40?ı çoklu antibiyotik direncine sahipti. %60?ı tüm antibiyotiklere duyarlı bulundu. En duyarlı oldukları antibiyotik ise %70 oranıyla CN, AK ve TPZ?ye olduğu saptandı. PFGE yöntemiyle tiplendirilen 33 adet P. aeruginosa suşundan 18 (%54,5) genotip saptandı. Bu genotiplerden 5 adeti küme oluşturan suşları içermektedir. Her kümedeki suş sayısı 2-8 arasında değişmektedir. Toplam 17 (%51,5) suş küme oluşturmaktadır. Bu suşlardan 4 adeti yakın ilişkili olarak değerlendirildi. Üç veya daha az bant farkı oluşturma kriteri dikkate alındığında suşların 21 (%63,6)?i klonal yönden ilişkili bulundu. İzolatların 12 adeti (%36,3) özgü PFGE profili gösterdi. Kırksekiz adet A. baumannii suşundan ise 13 (%27.08) genotip saptandı. Genotiplerden 8 adeti küme oluşturan suşları içermektedir. Herbir kümedeki suş sayısı 2 ile 12 arasında değişmektedir. Toplam 41 (%85,4) suş küme oluşturmaktadır. Bu suşlardan 2 adeti yakın ilişkili olarak değerlendirildi. Üç ya da daha az bant farkı oluşturma kriteri dikkate alındığında suşların 43 (%89,5)?ü klonal yönden ilişkili olarak değerlendirildi. İzolatların 5 adeti (%10,4) özgü PFGE profili gösterdi. Sonuç olarak yoğun bakım ünitesinden izole edilen 33 P. aeruginosa ve 48 A. baumannii suşunun çapraz geçişi gösterilmiştir. Bazen bir hasta bir iki ay ara ile aynı tür bakterinin farklı genotipiyle, bazende farklı hastalar aynı genotiple enfekte olmuştur. Çapraz bulaşın yüksek derecede saptanması ve özellikle A. baumannii suşlarının birçok ilaca karşı yüksek direnç oranları göstermesi yoğun bakım ünitelerinde acil önlemler alınması gerektiğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: P. aeruginosa, A. baumannii, PFGE, klonal ilişki, genotip, bant farkıÖğe Çok ilaca dirençli mycobakterium tuberculosis suşlarının moleküler karakterizasyonu(Kırıkkale Üniversitesi, 2013) Alanbayı, Ümit; Durmaz, Prof. RızaTüberküloz kontrolünde uygun antibiyotik tedavisi ve bulaş zincirinin kırılması en önemli hususlardır. Bu çalışmada Çok İlaca Dirençli (ÇİD) tüberküloz kontrolünde direncin mekanizmasının anlaşılması ve suşlar arasındaki çapraz bulaşın ortaya konması amaçlanmıştır. Çalışmaya 52 Mycoobacterium tuberculosis (M. tuberculosis) suşu alınmıştır. ÇİD suşlarda rifampsin (RIF) ve izoniazid (INH) direncinden sorumlu mutasyonlar DNA (Deoksiribo nükleik asit) dizi analizi yöntemiyle belirlenmiştir. Suşlar arasındaki filogenetik ilişki spoligotiplendirme yöntemiyle belirlenmiştir. Çapraz bulaşı ortaya koymada 24 lokuslu Mycobacterial Intersperspersed Repetitive Unit?Variable Number Tandem Repeats (MIRU-VNTR) yöntemi kullanılmıştır. Mutasyon analizi yapılan 52 izolatın %98?inde rpoB gen bölgesinde mutasyon saptandı. İzolatların %57?sinde 531. kodonda, %23?ünde 516. kodonda, %17?sinde 526. kodonda mutasyon saptandı. rpoB gen bölgesinde oluşan en sık aminoasit değişikliği ise Ser531Leu aminoasidi değişikliği olarak belirlenmiştir. İzoniazide dirençli 52 suşun %86?sında katG gen bölgesinde mutasyon saptandı. İzolatların %84?ünde 315. kodonda, bir suşta ise 273. kodonda mutasyon kaydedildi. Spoligotipleme profilleri çıkarılan suşlar, on beş farklı spoligotipi sergilemiş olup bunlardan 11 tanesi küme oluşturan suşları bulundurmaktadır. Toplam 48 suş (%92.3) küme içerisinde yer almıştır. Suşların 21? inin (%40.3) T ailesinden, 14?ünün (%26.9) LAM (Latin Amerika Akdeniz) ailesinden, 4?ünün H (Haarlem) (%7.6) ailesinden, üçer suşun (%5.7) X, S ailelerinden, ikişer tanesinin (%3.8) Beijing ve U ailelerinden, oluştuğu görüldü. Üç suş (%5.7) özgü profil sergilemiştir. MIRU-VNTR yöntemiyle tiplendirmesi yapılan 52 M. tuberculosis suşundan 49 farklı genotip saptandı. Bu genotiplerden üç tanesi küme oluşturan suşları içermektedir. Toplam altı suş (%11.5) küme içerisinde yer aldı. Sonuç: İncelenen suşlarda saptanan mutasyonlar dünya genelinde yaygın olan mutasyonlardır. Suşlar arasındaki %11?lik çapraz bulaş kontrol önlemlerinin etkinliğini göstermektedir. Anahtar Kelimeler: Mycobacterium tuberculosis, spoligotiplendirme, MIRU- VNTR, katG, rpoB, inhA, klonal İlişki, mutasyonÖğe Kırıkkale yöresinde insanlarda chikungunya virüs, dengue virüs ve batı nil virüs seroprevalansının saptanması(Kırıkkale Üniversitesi, 2016) Atalay, Tuğba; Kaygusuz, SedatChikungunya virüs (CHIKV), Dengue virüsü (DENV) ve Batı Nil virüsü (BNV) önemli vektör kaynaklı viral hemorajik ateş olarak bilinen, ateş, döküntü, eklem ağrısı, kaseklem ağrıları ve/veya menenjit, ensefalit ve meningoensefalit tablosuna yol açabilen ve önemleri giderek artan etkenlerdir. Ülkemiz, coğrafi konumu ve ekolojik özellikleri nedeniyle vektör kaynaklı pekçok virüs ile vektörlerinin yaşam döngüleri içinde yer almaktadır. Ülkemizde BNV için yapılmış seroprevalans çalışmaları mevcut iken CHIKV ve DENV için yapılmış kapsamlı seroprevalans çalışması mevcut değildir. Bu amaçla ilimizde yaşayan insanlarda CHIKV, DENV ve BNV seroprevalansının saptanmasını amaçladık. Türkiye İstatistik Kurumu adrese dayalı nüfus kayıt sistemi veri tabanından 2014 Kırıkkale il/ilçe ve belde/köy nüfusuna ulaşıldı. Rastgele örnekleme yönteminden orantılı tabakalı örnekleme yöntemiyle 500 örneklem alınması planlandı. Temmuz- Kasım 2015 tarihleri arasında sahaya çıkılarak kişilere rastgele olarak ulaşıldı. Kişilerden alınan kan örnekleri 10 dakika 4000x g'de santrifüj edilerek serumlar elde edildi. Bu serum örnekleri alikotlanıp çalışma gününe kadar -80°C'lik derin dondurucuda saklandı. İlk olarak tüm serum örneklerinde CHIKV, DENV ve BNV IgG tipi antikorlar enzyme-linked immunosorbent assay (ELISA) yöntemi ile araştırıldı. Sonrasında CHIKV ve BNV IgG tipi antikorları İndirekt İmmunofloresan Test (IIFT) yöntemi ile doğrulandı. CHIKV IgG tipi antikorları ELISA yöntemiyle iki kişide (%0,4) pozitif bulunurken, dört kişide (%0,8) şüpheli pozitiflik tespit edildi. Ancak IIFT ile yapılan doğrulama çalışmasında CHIKV IgG tipi antikorları negatif bulundu. DENV IgG ELISA yöntemi ile pozitif ve şüpheli pozitif örnek saptanmadı. BNV IgG antikorları ELISA yöntemiyle iki kişide (%0,4) pozitiflik tespit edildi. Ancak IIFT ile yapılan doğrulama çalışmasında BNV IgG antikorları negatif olarak bulundu. Kırıkkale ilinde bu seroprevalans araştırmasında hiçbir pozitifliğin tespit edilmemiş olması memnuniyet verici olsa da civar illerde anılan vektörlerin bulunması, viral hemorajik ateşi işaret eden şikayetleri taşıyan insanlar için ayırıcı tanıda mutlaka düşünülmelidir. Bu araştırmanın vektör ve vektör-virüs araştırılması şeklinde genişletilmesi ve periyodik olarak yapılması aşikardır.Öğe Farklı gleason derecelerine sahip prostat adenokarsinoma içeren iğne biyopsi örneklerinde P27, CD10, AMACR ve tmprss2-ERG protein ekspresyonlarının değerlendirilmesi(Kırıkkale Üniversitesi, 2019) Özdemir, Gülhan; Balcı, Mahi; Devrim, TubaAmaç: Prostat karsinomu erkeklerde en sık görülen visseral malignitedir ve erkeklerde kanser ile ilişkili ölümlerde ikinci sırada yer almaktadır. Prostat karsinomu değişken bir klinik gidişe sahip olup, indolan ile agresiflik arasında heterojen bir seyir gösterir. Bu hastalığın tedavisinde karşılaşılan en büyük zorluklardan biri agresif tümörleri, hastaya daha az zarar vermesi muhtemel yavaş seyirli formlarından ayırt etmektir. Son dekatlar içerisinde, prostat adenokarsinomunun tanısı ve yönetimi, büyük oranda prostat karsinogenezisinde yer alan biyobelirteçlere dayanır. Çalışmamızda, p27, CD10, AMACR ve TMPRSS2-ERG antikorlarının ekspresyon derecelerini, farklı Gleason büyüme paternlerine sahip prostat adenokarsinom olguları ile benign prostat hiperplazisi, atrofi olgu grubunda kıyaslamak ve bu belirteçlerin karsinogenezisteki rollerini aydınlatmak amaçlanmıştır. Gereç ve Yöntem: Çalışmaya, farklı Gleason derecelerinive benign prostat hiperplazisi ve atrofi olgularını içeren toplam 80 arşiv iğne biyopsi örneği dahil edilmiştir. Çalışma grupları; benign hiperplazi ve atrofi(20), grade 3 (20), grade 4 (20) ve grade 5 (20) büyüme paternlerinden oluşturulmuştur. İmmünskorlama, p27, CD10, AMACR ve TMPRSS2-ERG ile boyanan hücrelerin yüzdesi ile boyanma yoğunluğunun çarpımının hesaplanmasına dayanılarak değerlendirilmiştir. Kruskal Wallis testi kullanılarak ortalama değerler ve anlamlılık testi elde edilmiş olup 0.05'ten düşük olasılık değerleri, anlamlı kabul edilmiştir. Bulgular: P27, benign hiperplastik dokuların çoğunda, karsinom vakalarına kıyasla, daha yaygın ve yoğun boyanma göstermiştir(p<0.001).CD10, AMACR ve ERG, karsinom vakalarında, benign prostat hiperplazisi ve atrofi içeren vakalara kıyasla,daha yaygın ve yoğun boyanma göstermiştir(p<0.001). P27, AMACR ve ERG immünohistokimyasal boyanma skorunda, pattern 3, 4 ve 5 arasında istatistiksel olarak anlamlı bir fark bulunmamıştır. CD10 boyanmasının pattern 3 ve pattern 4 arasında, pattern 4 ve pattern 5 arasında, kontrol grubu ve pattern 4 arasında, kontrol grubu ve pattern 5 arasında anlamlı fark göstermediği bulunmuştur. Öte yandan pattern 3'teki CD10 boyanmasının pattern 5'ten ve kontrol grubundan anlamlı düzeyde daha düşük olduğu bulunmuştur.(p<0,008). Sonuç: Çalışmamızda CD10, AMACR ve ERG ile karsinom odaklarında benign prostat dokusuna göre yu¨ksek ekspresyon, P27 ile düşük ekspresyon izlenmektedir. Buna göre bu immünohistokimyasal boyaların prostat adenokarsinomunda prognostik belirteç olabileceğini ve prostat adenokarsinomunun hedefe yönelik immu¨noterapisinde kullanılabileceğini du¨şu¨nmekteyiz. Fakat rutin tedaviye girmeleri ve prognostik belirteç olarak kullanılabilmeleri için daha geniş serilerle yapılan çalışmalara ihtiyaç vardır.
