Dolaşan Tümör DNA’larının Belirlenmesi İçin Gözenekli Silika Kaplı Manyetik Çekirdek-Kabuk Nanoparçacıkların Hazırlanması ve Önderiştirme ve Sensör Uygulama Potansiyellerinin İncelenmesi
[ X ]
Tarih
2019
Yazarlar
Dergi Başlığı
Dergi ISSN
Cilt Başlığı
Yayıncı
Erişim Hakkı
info:eu-repo/semantics/openAccess
Özet
Günümüzde kanser tanısında yaygın olarak kullanılan biyopsi yönteminin invazif, uzmanlık gerektiren, uzun süren ve tekrarlanması zor bir yöntem olması nedeniyle alternatif yöntemler araştırılmaktadır. Bu amaçla araştırılan tümör kaynaklı dolaşan hücresiz DNA?lar (ctDNA) kanserin erken teşhisinde ve prognozunda kullanılan önemli biyobelirteçlerdir. Kan, salya, idrar gibi çeşitli vücut sıvılarında bulunan bu DNA parçalarını tespit etmek büyük hacimlerdeki çok düşük konsantrasyonları nedeniyle oldukça zordur. Günümüze kadar ctDNA tayininde yaygın biçimde kullanılan gelecek nesil sekanslama (Next generation sequencing NGS), kantitatif Polimeraz Zincir Reaksiyonu (qPCR) ve dijital PCR gibi yöntemlerde analiz süresinin uzunluğu, yöntemin maliyetinin yüksek olması, sekanslamanın kısıtlı olması gibi bazı dezavantajları nedeniyle farklı biyosensör platformları araştırılmıştır. Yapılan literatür taramasının ışığında ctDNA tayininde projemizin özgün yanlarından birisi olarak ilk defa moleküler işaret ışıkları ve manyetik nanoparçacıklar birlikte kullanılarak düşük maliyetli, hızlı sonuç veren ve kullanımı kolay bir sistem geliştirilmesi amaçlanmıştır. Çalışma kapsamındaki gözenekli silika kaplı manyetik nanoparçacıklar kolay sentezlenebilen, düşük maliyetli ve yüzey modifikasyonlarına açık olmalarının yanısıra manyetik özellikleri nedeniyle ayırma saflaştırmayı kolaylaştırıp tekrar kullanılabilirliği arttırmaları nedeniyle tercih edilmişlerdir. Hedef ctDNA?lara özgü moleküler işaret ışıkları sahip oldukları yüksek seçicilik özellikleri ile tek baz polimorfizmini bile ayırt edebilmelerinin yanısıra özel yapıları sayesinde hibridizasyonun gerçekleşmesi durumunda floresan sinyal yayarak ctDNA tayinini kolay ve pratik kılarlar. Bu çalışmadaki hedef mutasyonlar ise PIK3CA gen bölgesinde bulunan ve pek çok kanserde tespit edilen nokta mutasyonlarına sahip olmaları nedeniyle seçilmişlerdir. Çalışmada sentezlenen silika kaplı manyetik nanoparçacıklara hedef ctDNA?lara (E542K ve E545K mutantları) özgü moleküler işaret ışıkları immobilize edilmiştir. İçerisinde hedef ctDNA, hedef ctDNA?lardan tek nükleotit farkı olan yaban (wild) tipleri ve rastgele sentezlenmiş farklı oligonükleotitlerin bulunduğu karışımda üretilecek olan nanomanyetik DNA sensörlerinin hibridizasyon koşulları optimize edilmiş ardından verim, duyarlılık ve özgüllükleri değerlendirilmiştir.
Açıklama
15.06.2019
Anahtar Kelimeler
Tıbbi İnformatik, Tıbbi Araştırmalar Deneysel, Nanobilim ve Nanoteknoloji, Onkoloji
